Apprenti(e) Concepteur / Développeur informatique appliqué à la bioinformatique F/H

L’AP-HP est un centre hospitalier universitaire CHU, qui s’organise en 6 GHU et 38 hôpitaux, traitant 8 millions de patients annuellement dans divers domaines médicaux. En tant que premier employeur d’Île-de-France, elle compte près de 100 000 professionnels.

La Direction des Services Numériques (DSN) de l’AP-HP fournit des services numériques sécurisés aux professionnels et patients. Elle développe et gère plusieurs centaines de solutions, dont le dossier patient, la biologie, l’imagerie, l’espace patient et la gestion hospitalière, sur 70 000 postes. Elle administre ses infrastructures et favorise la réutilisation des données de santé. Avec plus de 500 professionnels et un budget annuel de 204 M€, elle pilote 300 projets et recrute 100 professionnels par an.

Dans le cadre du développement et de l’évolution des activités de bioinformatique, l’équipe MOABI souhaite accueillir un(e) apprenti(e) de niveau Master afin de contribuer à la conception, au développement, à la validation et à l’amélioration de pipelines d’analyse de données omiques.

Le poste s’inscrit dans un environnement mêlant développement informatique, automatisation de traitements, intégration d’outils bioinformatiques, gestion de données à grande échelle et amélioration continue des workflows d’analyse, avec une orientation vers l’exploitation de données produites dans un cadre clinique.

L’apprenti(e) participera à :

• La conception, au développement et à l’évolution de pipelines d’analyse bioinformatique ;

• L’intégration, l’automatisation et l’orchestration d’outils de traitement de données génomiques et transcriptomiques ;

• La mise en œuvre et l’évaluation de nouvelles méthodes d’analyse de variants génétiques et de données omiques ;

• L’exploitation et l’interprétation technique de données issues de technologies variées : DNA-seq, RNA-seq, long reads, transcriptomique et autres jeux de données omiques ;

• La structuration, la fiabilisation et la reproductibilité des traitements informatiques ;

• Le développement de scripts, modules et outils facilitant le contrôle qualité, le post-traitement,

• L’agrégation et la restitution de résultats ;

• La documentation technique des développements réalisés ;

• La veille technologique et méthodologique sur les outils et approches d’analyse en bioinformatique ;

• La participation aux échanges avec les utilisateurs / biologistes / bioinformaticiens pour adapter les développements aux besoins des projets.

Les travaux pourront porter sur :

• Le développement de workflows reproductibles pour l’analyse de données de séquençage ;

• L’évaluation comparative d’outils et de stratégies d’analyse ;

• L’amélioration des performances, de la robustesse et de la traçabilité des pipelines ;

• Le traitement et l’exploitation de données omiques issues de cohortes ou d’activités cliniques ;

• La standardisation des sorties d’analyse et des indicateurs qualité ;

• La contribution à des projets en lien avec les maladies rares, l’oncologie ou d’autres applications de génomique clinique et translationnelle.

Diplôme : Étudiant(e) en Master bioinformatique, informatique, data science, génomique computationnelle ou domaine proche, recherchant un contrat d’apprentissage.

Niveau d’étude : Préparant un master

Niveau d’expérience :
Pré-licence ou licence dans un domaine connexe (Bio-informatique, data science, génomique computationnel)

Compétences :
•Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
•Connaissance de l’environnement Linux / shell ;
•Intérêt pour l’automatisation de traitements et les workflows ;
•Appétence pour la gestion de données volumineuses ;
•Intérêt pour la bioinformatique, la génomique et l’exploitation de données cliniques et biologiques ;
•La connaissance d’outils ou concepts de type Git, Docker/containers, workflow managers, formats de données de séquençage constitue un plus.



Prérequis :
•Bon niveau en programmation, en particulier Python ;
•Connaissance de l’environnement Linux / shell ;

Savoir-faire et savoir être :
•Rigueur et sens de l’organisation ;
•Capacité d’analyse et de résolution de problèmes ;
•Goût pour le développement et l’amélioration continue ;
•Capacité à documenter son travail ;
•Anglais niveau professionnel ;
•Aptitude à travailler en équipe pluridisciplinaire.

Possibilité de télétravail si le poste le permet ;

Remboursement partiel des transports en commun (75%) et/ou forfait mobilité ;

Accès au restaurant du personnel à tarifs avantageux ;

Un centre formation et de développement des compétences interne pour les formations management, les renforcement Métiers… ;

Une offre de sorties culturelles, des réductions et des bons plans (HOPTISOINS).