Bioinformaticien Agents Infectieux, spécialisé en analyse de génomes bactériens F/H

Le service créé en novembre 2021 se compose de 4 entités :

1/ UF de Bactériologie-Hygiène automatisée et Moléculaireà St Louis

2/ UF d'Urgences Microbiologiques à Lariboisière

3/ Un Centre National de Référence des IST bactériennes
Depuis 2017, le Laboratoire Associé au CNR des IST bactériennes est situé à St Louis avec une expertise gonocoque. Des enquêtes de surveillance nationales et européennes annuelles de résistance du gonocoque EnGON sont effectuées.
La collection du CNR a été centralisée à St Louis et comporte maintenant les souches isolées entre 2008 et 2021 soit 13100 souches nationales et internationales. Sur la mandature 2017-2021, le laboratoire de St Louis a reçu 2400 souches de gonocoques et 3000 prélèvements PCR positifs pour expertise. Le service a été reconduit en tant que CNR sur la mandature 2023-2027. Le CNR bénéficie des infrastructures du plateau technique transversal des Agents Infectieux implanté à SLS où l’équipe de bactériologie effectue le séquençage des génomes complets.
Dans le cadre de la recherche, le circuit de prise en charge des gonocoques pour le séquençage NGS est effectué à St Louis. L’analyse des séquences NGS est effectuée sur la plateforme Moabi Multi Omics Analysis & BIoInformatic de l’APHP. Les outils utilisés pour l’analyse après assemblage des séquences sont les logiciels installés sur la plateforme Galaxie / Moabi avec accès G-Route: Velvet, Spade, ParSNP, Mafftvisualisé avec iTOL, RAxML.

Mission principale
• L’implémentation et la mise en place des outils et des workflows d’analyses des données biologiques issues du séquençage haut-débit des génomes bactériens sur la plateforme Moabi
• Finalisation installation interphase pipeline pour le diagnostic de la syphilis
• L’administration et la maintenance des pipelines d’analyses des génomes bactériens
• La participation aux activités du site internet du cnr https://www.cnr-ist.fr/
• La veille scientifique afin de proposer les méthodes d’analyses de données de séquençage à la pointe de l’innovation
• La valorisation et le partage des application développées dans la communauté scientifique
• Le support technique & scientifique, et la formation des biologistes aux solutions bioinformatiques proposées

Personnel paramédical attribué au CNR des IST bactériennes
2 ingénieurs, 1 bio-informaticien, 1 technicien, 1 technicien ANRS/PHRC

PRE-REQUIS
Master ou doctorat en Biologie/Informatique (double compétence appréciée)

SAVOIR FAIRE REQUIS
• Maitrise de l'environnement UNIX/LINUX et d'un ou des langages de programmation (PYTHON,PERL, R, Bash…)
• Connaissance du gestionnaire snakemake et de Docker
• Maitrise des concepts et outils bioinformatiques en particulier ceux utilisés en génomique et pour l'analyse des données NGS
• Maitrise des bonnes pratiques de développement informatique amenant à la production d'un code fiable
• Organisation et gestion de projet
• Pratique courante de l'anglais scientifique écrit et oral

CONNAISSANCES ASSOCIEES
Formation en Bio-informatique

AVANTAGES LIÉS AU STATUT ET A LA FONCTION
- Primes de service réservées aux nouveaux stagiaires et titulaires (versée en juin et décembre)
- Prime d'engagement collectif : 200 euros bruts / an, versement conditionné par la participation à un projet de service
- Supplément Familial de traitement pour les parents avec enfant(s) à charge
- Accès à une offre de formation continue conséquente
AIDE A L'INSTALLATION ET AU LOGEMENT
- Aide à l'installation : jusqu'à 1000 € versés par l'Agospap sous conditions de ressources pour les titulaires et CDD sur poste permanent
- Possibilité de logements à tarifs préférentiels dans le parc AP-HP pour les titulaires
AVANTAGES SOCIAUX
- Remboursement partiel des transports en commun ou forfait mobilité
- Possibilité de parking et de place en crèche
- Accès au restaurant du personnel à tarifs avantageux
- Prestations AGOSPAP (CE) : Accès à une offre de loisirs (spectacles, cinémas…) et de vacances à tarifs préférentiels pour les titulaires et CDD sur poste permanent
- Plateforme HOPTISOINS : tarifs préférentiels chez nos partenaires (vie quotidienne, courses...)
- Chèques emploi-service CESU AP-HP